Có tất cả 188 đội tham dự mùa giải 2016-17 đến từ 54 trên tổng số 55 thành viên của hiệp hội bóng đá quốc gia của UEFA. Số đội bóng được tham dự ở mỗi quốc gia được dựa vào bảng tính điểm của UEFA:

• Hiệp hội xếp từ vị trí 1-51 có 3 đội tham dự
• Hiệp hội xếp từ vị trí 52-54 có 2 đội tham dự
• Hiệp hội xếp từ vị trí 52-53 có 2 đội tham dự
• Liechtenstein và Gibraltar chỉ có 1 đội tham dự
• Ban chấp hành UEFA đã được phê duyệt trong tháng 12 năm 2014 thay đổi để những thưởng giải phong cách (Fair play), và bắt đầu từ mùa giải 2016-17, top 3 đội giải phong cách (Fair play) đã không còn được phân bổ cho Europa League.
• Hơn nữa, những đội bị loại ở vòng loại thứ ba của UEFA Champions League sẽ xuống chơi vòng loại trực tiếp, còn những đội bị loại ở vòng cuối cùng xuống chơi vòng bảng.

Xếp hạng

Dựa vào bảng xếp hạng sẽ quyết định số đội bóng mỗi hiệp hội được tham gia.

Chú thích:

• UCL: Thêm đội từ UEFA Champions League
• EC: Thêm đội từ UEFA Europa League

Các đội bóng

Ký hiệu trong dấu ngoặc đơn ở bảng dưới đây cho biết cách thức đội bóng tham dự UEFA Europa League:[3][4][5]

• CW: Vô địch giải đấu Cúp
• 2nd, 3rd, 4th, 5th, 6th, etc.: Vị trí trong bảng xếp hạng
• LC: Vô địch League Cup
• RW: Nhà vô địch giải đấu
• PW: Chiến thắng vòng đấu loại trực tiếp
• CL: Chuyển xuống từ Champions League
  • GS: Đứng thứ ba từ tốt nhất vòng bảng
  • PO: Thất bại ở vòng đấu loại trực tiếp
  • Q3: Thất bại ở vòng đấu sơ loại

Lễ bốc thăm

Các trận đấu ở vòng loại, vòng play-off, và vòng đấu loại trực tiếp cũng có thể được chơi vào thứ ba hoặc thứ tư thay vì thứ năm thường do xung đột lịch trình.